馬來西亞已於1949年印花稅法之附表一中列示應納印花稅的文件，包括財產或證券的轉讓文件、轉讓契約以及與租賃交易、業務轉讓和服務提供相關的協議。應納印花稅的文件必須在簽署後30天內蓋章；或者如果文件是在馬來西亞境外簽署，則須在首次在馬來西亞境內收到後30天內提交蓋章。
自2024年1月1日起，在馬來西亞境外以電子傳輸接收方式所簽署的文件，應自首次收到電子郵件作為證據之日起30天內蓋章。根據現行的官方評估系統，納稅人需要通過STAMPS入口網站向內陸稅收局（Inland Revenue Board, IRB）提交文件及相關佐證文件。IRB將評估應納稅額並發出評估通知。稅款需於評估通知中規定的期限內繳納，通常為30天。
引入自我評估系統
根據2024年《稅收徵收、管理和執行法》，印花稅的自我評估系統將於2026年1月1日開始實施。雖然該法已經為印花稅自我評估系統的實施建立法律框架，但根據2025年預算案的公告，該系統將分階段進行，以確保順利實施。
第一階段：自2026年1月起生效；文件類型為與租賃或租約、一般印花 及證券相關的文件或協議
第二階段：自2027年1月起生效；文件類型為財產所有權轉讓文件
第三階段：自2028年1月起生效；文件類型為除第一階段和第二階段
在自我評估系統下，確保應納稅文件有蓋章為納稅人的責任。納稅人以電子方式申報及文件將被視為由印花稅徵收官所作出的評估，到期前繳納。然而，徵收官仍有權評估文件的稅款，並判斷是否應納稅。
若徵收官認為應納稅文件沒有或未充分評估，徵收官可在稅款應納或已納之日起5年內對該文件查核。然而，如有詐欺、故意違規或疏忽的情況下，不適用法定時效。
在自我評估系統下還引入了若干罰則，包括：
- 在無合理理由情況下未提交申報書
一經確認，可能將處以10,000馬幣以下的罰款。如果未提起訴訟，則可處以200馬幣至2,000馬幣的罰款。
- 提交錯誤的納稅申報書
一經確認，可能被處以1,000馬幣至10,000馬幣的罰款，外加相當於少繳稅款的特別罰款。如果未受起訴，則可處以相當於少繳稅款的罰款。
對於任何從事或涉及意圖欺詐政府稅款之人，其罰款已從5,000馬幣修改為1,000馬幣以上20,000馬幣以下。
印花稅審核框架
隨著自我評估系統的推動，IRB預計將進行更多的印花稅審核，類似於納稅人在所得稅制度下可能的審核程序。進行印花稅審核的基本目的是鼓勵自願遵守並確保根據1949年《印花稅法》的規定已繳納正確稅款。
因此，IRB已發布印花稅審核框架，自2025年1月1日起生效，概述審核官和納稅人的權利和責任。其中值得注意的重點如下。
- 印花稅審核類型
與所得稅審核類似，印花稅審核可採一般覆核或全面覆核。
對於一般覆核（或稱為文件審計），將向納稅人發出審核行動通知書。審核是藉由覆核印花稅申請的隨附文件，如果需要進一步的資訊，納稅人可能會被要求面談。
在某些情況下，一般覆核可能轉為全面覆核（或稱為實地審計）。全面覆核涵蓋納稅人簽署的所有文件，該覆核可於納稅人的場所、IRB辦公室或納稅人和審核官員同意的任何其他地方進行。對於全面覆核，將向納稅人發出審核訪問通知書，納稅人可以在合理或不可避免的情況下申請延期審核訪問。
儘管如此，如果需要額外的支持文件和諮詢，納稅人將自通知書日期起14個工作日內提供。如果納稅人未能在規定時間內回應，IRB將採取任何認為合適的方法來進行審核。
- 印花稅審核涵蓋期間
一般而言，印花稅審核可能涵蓋3個年度。然而，該期限不適用於涉及詐欺、逃稅或疏忽的案件。儘管如此，納稅人需從繳納稅款之日起保存相關文件7年。
- 印花稅審核案件的挑選
挑選是基於風險評估標準系統和/或根據所收到的各種資訊來源進行。
- 付款程序
如果因印花稅審核而產生額外的稅款和罰款，納稅人應於規定期限內全額支付，不接受分期付款。
- 上訴程序
如納稅人對徵收官所提出的評估通知或追加評估通知有異議，可在評估或追加評估通知日期後30天內向徵收官提出異議通知並附上其理由。惟提出異議並不會免除納稅人依規定繳納稅款的責任。
收到異議通知後，徵收官應覆核評估或追加評估並以書面通知納稅人其決定。如果納稅人仍對徵收官的決定有異議，可進一步向高等法院上訴。上訴須於收到徵收官書面通知其決定後21天內提出，並繳納相應稅款。
自2025年1月1日起，延遲蓋章之罰款已修訂如下：
- 如在規定蓋章時間後的3個月內蓋章，需支付50馬幣或欠稅的10%，以較高者為準。
- 如在規定蓋章時間後的3個月後蓋章，則需支付100馬幣或欠稅的20%，以較高者為準。
儘管如此，納稅人可以在印花稅審核開始前，對未在到期日後3個月內提交蓋章的文件進行自願揭露。對於此類自願揭露案件，將處以50馬幣或欠繳稅款的10%，以較高者為準的優惠罰款率。
KPMG 觀察
隨著馬來西亞實施自我評估印花稅系統和發布印花稅審核框架，顯示IRB將重點關注印花稅合規性。建議在馬來西亞的台商企業應確保履行其印花稅義務，因為納稅人面臨的挑戰不僅是正確識別應徵稅的文件，還要確定應繳納的稅款金額。由於印花稅率因文件性質而異，涉及一系列因素和規則，確認所適用的印花稅率可能變得非常技術性。
建議納稅人覆核近年來簽署文件，皆已依更新規定計算和繳納印花稅且正確蓋章，保留證明文件，以利自我評估應繳納印花稅並順利完成審核。
