Seit seinem Eintritt bei KPMG Schweiz im Jahr 2005 als Partner hat Stefan Pfister die Entwicklung des Unternehmens in verschiedenen Führungsfunktionen massgeblich geprägt. Nach der Leitung der Bereiche Real Estate, Transactions & Restructuring sowie Advisory war er von 2014 bis 2026 CEO von KPMG Schweiz.
Mit dem Zusammenschluss von KPMG Schweiz und KPMG UK im Jahr 2024 wurde er in den Verwaltungsrat von KPMG Holding LLP berufen und übernahm zudem die Rolle als stellvertretender Gruppen-CEO bis 2026. Darüber hinaus war er Mitglied des Global Board und hatte die Rolle des Global Independent Lead Partners und des Vorsitzenden des Governance Committees inne.
Stefan Pfister setzt sich als Mitglied des Vorstandsausschusses und Verwaltungsrats von Expertsuisse, dem Schweizer Dachverband für Wirtschaftsprüfung, Steuern und Treuhand, für die Interessen der Branche ein. Er engagierte sich zudem als langjähriges Vorstandsmitglied von Economiesuisse, dem Dachverband der Schweizer Wirtschaft.